En 1685 solicitó el puesto de maestro de capilla en Avila, pero hacia 1688 él había emigrado a México, donde reemplazó a Antonio de Salazar como maestro de capilla de la Catedral de Puebla el 17 de diciembre de 1688, con un sueldo anual de 600 pesos; permaneció allí hasta su muerte. En Puebla, Dallo y Lana compuso villancicos para el convento de la Santísima Trinidad y la catedral, pero sus obras más importantes de este tipo fueron composiciones (cuya actual ubicación se desconoce) de cuatro ciclos de villancicos por la famosa poeta Sor Juana Inés de la Cruz, que se interpretaron en la catedral en cuatro días de fiesta en 1689 y 1690.

Edición discográfica con una obra de Miguel Matheo de Dallo y Lana

Sus elementos vivamente populares pueden ser ilustrados por el octavo villancico en el tercer ciclo (para la fiesta de San José, 1690) que es una ensalada que contiene una jácara, un juguete (un diálogo juguetón), un indio (i.e. incluyendo algunas palabras indias) y un negro (o negrilla, con sílabas que imitan dialectos negros y ritmos); esto fue seguido por cuatro villancicos para la Misa -a la epístola, al  ofertorio, al alzar y al 'Ite missa est'.

La reputación del compositor español puede apreciarse por la extraordinariamente amplia dispersión de su villancicos en archivos latinoamericanos; sus obras se encuentran en Bogotá, Guatemala, Ciudad de México, Puebla y Sucre. Para sus obras litúrgicas empleó una polifonía  fluida, a veces imitativa que, a la manera española, requería un continuo figurado para arpa, órgano y violon, pero no como regla usó efectos concertato.

La continua popularidad de su música de salmos es confirmada en Puebla por la adición en 1844 de un acompañamiento más lleno a una de sus obras y en Ciudad de México por el agregado a fines del siglo XVIII de dos clarinetes.